Luật thi hành tạm giữ, tạm giam đã quy định cụ thể, rõ ràng nhiệm vụ, quyền hạn của Viện kiểm sát nhân dân trong kiểm sát quản lý, thi hành tạm giữ, tạm giam (Chương VIII); các quyền kiểm sát, quyền yêu cầu, quyền kháng nghị, kiến nghị đối với cơ sở giam giữ, trách nhiệm thực hiện yêu cầu, quyền kháng nghị, kiến nghị của Viện kiểm sát được Luật quy định cụ thể thời gian cơ sở giam giữ phải thực hiện. Với những quy định trên tạo điều kiện thuận lợi là cơ sở pháp lý vững chắc để Viện kiểm sát thực hiện hoạt động kiểm sát. Qua công tác kiểm sát quản lý, thi hành tạm giữ, tạm giam Viện kiểm sát đã kịp thời phát hiện các vi phạm pháp luật của Nhà tạm giữ, Trại tạm giam để yêu cầu sửa chữa, khắc phục vi phạm, các đơn vị đã thực hiện nghiêm túc kiến nghị, kháng nghị của Viện kiểm sát. Hoạt động tạm giữ, tạm giam ngày càng đi vào nề nếp, tuân thủ đúng quy định của pháp luật, quyền lợi của người bị tạm giữ tạm giam được tôn trọng bảo vệ.
Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện quy định của Luật thi hành tạm giữ, tạm giam vẫn còn một số khó khăn,vướng mắc, được Viện kiểm sát hai cấp tổng hợp như:
Theo điểm h khoản 1 Điều 13 Luật thi hành tạm giữ, tạm giam thì: Nhà tạm giữ, Trại tạm giam có nhiệm vụ: “Thông báo bằng văn bản cho cơ quan đang thụ lý vụ án 01 ngày trước khi hết thời hạn tạm giữ, gia hạn tạm giữ, 05 ngày trước khi hết thời hạn tạm giam, 10 ngày trước khi hết thời hạn gia hạn tạm giam…”, nhưng trên thực tế các cơ sở giam giữ khó thực hiện đúng quy định này một cách triệt để, vì thời hạn tạm giữ ngắn, việc thông báo, đôn đốc, trao đổi, chủ yếu bằng điện thoại cho cơ quan đang thụ lý, sau đó mới làm văn bản thông báo, dẫn đến việc vi phạm trên thực tế tương đối phổ biến.
Điểm a khoản 1 Điều 14 Luật thi hành tạm giữ, tạm giam quy định về cơ cấu tổ chức Nhà tạm giữ phải có buồng kỷ luật để xử lý kỷ luật với hình thức giam tại buồng kỷ luật đối với người bị tạm giữ, tạm giam vi phạm nội quy cơ sở giam giữ nhưng đến nay tất cả các Nhà tạm giữ vẫn chưa có buồng kỷ luật.
Khoản 2 Điều 16 Luật thi hành tạm giữ, tạm giam năm 2015 quy định: “Khi tiếp nhận người bị tạm giữ, người bị tạm giam cơ sở giam giữ có trách nhiệm: “…Lập biên bản giao nhận người bị tạm giữ, người bị tạm giam, tài liệu, hồ sơ kèm theo; tổ chức khám sức khỏe, kiểm tra thân thể của người bị tạm giữ, người bị tạm giam…”. Như vậy, ngay khi tiếp nhận người bị tạm giữ, tạm giam, cơ sở giam giữ phải tổ chức khám sức khỏe cho họ để có cơ sở phân loại giam giữ. Nhưng hiện nay, nhiều Nhà tạm giữ cấp huyện chỉ có cán bộ y tế là y sĩ (kiêm nhiệm), chỉ kiểm tra các dấu vết bên ngoài thân thể, ghi nhận lại việc tự khai tình hình sức khỏe của người bị tạm giữ, tạm giam chứ không thể xác định được họ có bị bệnh truyền nhiễm nguy hiểm, người đồng tính hay chuyển giới để phân loại giam, giữ riêng theo đúng quy định và cũng chưa bố trí được buồng y tế khi phải điều trị người bị tạm giữ, tạm giam khi ốm đau, bệnh tật.
Theo khoản 3 Điều 16 Luật thi hành tạm giữ, tạm giam thì khi tiếp nhận người bị tạm giữ, người bị tạm giam, cơ sở giam giữ có trách nhiệm “Chụp ảnh, lập danh bản, chỉ bản và vào sổ theo dõi người bị tạm giữ, người bị tạm giam”, tuy nhiên Luật chưa quy định cụ thể về thời hạn lập danh bản, chỉ bản là bao lâu.
Tại điểm đ khoản 1 Điều 17 Luật Thi hành tạm giữ, tạm giam quy định về hồ sơ quản lý tạm giữ, tạm giam có đề cập đến “Tài liệu khác có liên quan”. Tuy nhiên, không có văn bản hướng dẫn tài liệu khác là những tài liệu gì, từ đó dẫn đến cách hiểu không thống nhất giữa các cơ quan tiến hành tố tụng và cơ sở giam giữ.